Caracterizam-se pelo desenvolvimento de respostas imunológicas anormais aos antigénios do próprio indivíduo, que podem ou não ser específicos dos órgãos e que dão origem a diferentes patologias tais como lúpus eritematoso sistémico, miastenia gravis, neutropenia auto-imune ou artrite reumatóide, entre muitas outras. Alguns dos testes que podem ser encomendados são:
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